Il celebre architetto romano Vitruvio, al tempo di Augusto, scriveva che le città di Altino, Ravenna, Aquileia, e gli altri municipi che si trovavano in quei luoghi, erano circondati da paludi. Anche il territorio a sud di Concordia era interessato da questi fenomeni, e perciò inabitato, a differenza del territorio settentrionale, oggetto di una ordinata centuriazione. Ma la grande bonifica idraulica della prima metà del I sec. d.C. coinvolse anche la zona a sud di Concordia, dove si costituirono vasti possedimenti agrari.
Una testimonianza di grande rilevanza è data in questo senso dal ritrovamento, nel 1983-84, della grande villa rustica di Marina di Lugugnana, ovvero delle sottofondazioni delle parti murarie. Accertata quindi la presenza di insediamenti umani organizzati nella zona di Lugugnana fin dall’inizio dell’era volgare, acquista maggior credito l’ipotesi del Degani che riteneva "che le più antiche chiese e prime costituite nella diocesi nostra sono da ritenersi Fossalta, Giussago, Lugugnana", facendole risalire al IV – V secolo. Con la progressiva decadenza dell’impero romano vennero meno anche i lavori di manutenzione idraulica, e tutto il territorio fu nuovamente invaso dalle paludi.
Sempre il Degani scrive che il villaggio di Lugugnana è ricordato nel 1164, e la pieve è ricordata nella bolla papale di Urbano III nel 1186.
La presenza delle paludi costituì per tutto il territorio compreso fra Portogruaro ed il mare un grave ostacolo all’insediamento umano, per le difficili condizioni ambientali. Fu la Repubblica di Venezia a comprendere, fin dal sec. XVI, la necessità di risanare queste estese campagne, per destinarle alla produzione agricola, istituendo una apposita magistratura, i Provveditori sopra beni incolti. Al 1620 risale la costituzione di uno dei più antichi consorzi in materia, il Consorzio di scolo "Canale Lugugnana", sorto con lo scopo di regolare il deflusso dell’omonimo corso d’acqua che, con le sue esondazioni, allagava il paese di Lugugnana e vasti territori adiacenti.
Per un certo periodo, e precisamente dal 1816 al 1853, Lugugnana fu comune autonomo, distinto da Portogruaro.
La nuova chiesa fu iniziata nel 1964, ed aperta al culto nel dicembre 1966, mentre la chiesa vecchia è già attestata nel 1585 in occasione della visita del vescovo Nores.
Oggi Lugugnana costituisce una delle popolose frazioni del Comune e conta 1816 abitanti; vi ha sede una Delegazione comunale e sono presenti le scuole materna, elementare e media, oltre a numerosi altri servizi. Una particolarità è costituita dal dialetto che si parla a Lugugnana, che presenta le tipiche caratteristiche del friulano.